Tužiteljstvo Haškog suda početkom travnja, na raspravi o odmjeravanju kazne, zatražilo je 15 godina zatvora za Rajića.

Rajić (47) je 26. listopada 2005. priznao krivnju za teške povrede Ženevskih konvencija na temelju sporazuma s Tužiteljstvom, kojim je bio predviđen raspon kazne od 12 do 15 godina zatvora. Sudsko vijeće nije vezano dogovorom optužbe i obrane o visini kazne.

Tužitelj Kenneth Scott zahtjev za maksimalnom kaznom, u okviru sporazuma, na raspravi o odmjeravanju kazne obrazložio je otegotnim okolnostima - težinom kaznenog djela odnosno "strašnom prirodom zločina u Stupnom Dolu", optuženikovom zlouporabom vlasti te ranjivosti žrtava, jer je među najmanje 37 ubijenih bilo 14 žena i petoro djece, te optuženikovo osmogodišnje skrivanje i ometanje vršenja pravde.

Kao olakotne okolnosti naveo je "Rajićevo priznanje krivnje, koje pomaže utvrđivanju istine i pomirenju među zaraćenim stranama i znatnu suradnju s Tužiteljstvom, koja se nastavlja".

Braniteljica Doris Košta tada je poručila da bi pravična kazna za Rajića bila 12 godina.

Sam Rajić u svom obraćanju sudu naglasio je da on "nije zapovijedio zločin, niti se on dogodio pod njegovim nadzorom". Zataškavanje zločina i svoje skrivanje, objasnio je zapovjedima koje je dobio od nadređenih i objašnjenja da je to u interesu RH.

Izrazio je žaljenje zbog svih žrtava u Stupnom Dolu i Varešu koje su pale, kako je rekao, "u besmislenom ratu dva prijateljska naroda". Rajić je ponudio ispriku i iskrenu sućut obiteljima žrtava, ističući da žrtve zaslužuju istinu i pravdu, te da je njegovo priznanje "čin odgovornog, a ne slomljenog čovjeka".