Do prve momčadi Andres je došao kroz La Masiju, Barceloninu omladinsku školu, a za prvi tim debitirao je još 2002. godine kada je trener bio nizozemski stručnjak Louis van Gaal. U idućih 10 godina Španjolac je postao jedna od ključnih figura Barcelone, te jedan od najboljih nogometaša današnjice. S Barcelonom je osvojio pet španjolskih prvenstava, jedan španjolski kup, tri Lige prvaka i dvaput je postao svjetski klupski prvak. 

Iniesta je dosada odigrao 266 utakmica španjolske Primere, 77 susreta Lige prvaka, 40 Kupa kralja, tri utakmice UEFA-inog kupa, dvije Europskog superkupa, šest Španjolskog superkupa i pet utakmica Klupskog svjetskog prvenstva. Pritom je 40 puta tresao suparničke mreže.

Međutim, Iniesta je po stažu tek četvrti igrač aktualne postave Barcelone po broju nastupa. Ispred njega je rekorde Xavi s nedostižne 621 utakmice, zatim slijede Carles Puyol s 552 te Victor Valdes s 452.