Posljednja javna pojava Franje Tuđmana zabilježena je 1. studenoga 1999. godine. Tog dana hrvatski predsjednik pojavio se na Mirogoju, gdje je položio vijenac povodom blagdana Svih svetih. Bio je to njegov zadnji izlazak pred javnost, a svjedoci navode da je već tada bio vidno bolestan i iscrpljen. Nekoliko sati nakon toga prevezen je u Kliničku bolnicu Dubrava zbog teških zdravstvenih komplikacija.
Tuđman je već dulje vrijeme bolovao od raka želuca, a njegovo se zdravstveno stanje tijekom 1999. godine naglo pogoršalo. Liječnici su ranije te godine obavili operaciju, no bolest se proširila i zahvatila druge organe. Tijekom studenoga 1999. stanje mu se dodatno pogoršalo, te je od tada bio pod stalnim nadzorom liječničkog tima i više se nije pojavljivao u javnosti.
Franjo Tuđman preminuo je nešto više od mjesec dana kasnije, 10. prosinca 1999. godine, u 23:15 sati u Kliničkoj bolnici Dubrava. Vijest o njegovoj smrti službeno je objavljena idućeg dana ujutro, a Hrvatska je tada proglasila višednevnu državnu žalost. Njegova posljednja javna pojava na Mirogoju tako je ostala simboličan kraj jedne političke ere.