Otto von Habsburg-Lothringen, rođen 20. studenoga 1912. u Donjoj Austriji, bio je najstariji sin posljednjeg austro-ugarskog cara i hrvatsko-ugarskog kralja Karla I. (u Hrvatskoj Karla IV.). Od 1916., kada je njegov otac stupio na prijestolje, Otto je postao prijestolonasljednik Austrije, Ugarske, Češke i Hrvatske.
Nakon očeve smrti 1922. preuzeo je ulogu poglavara dinastije Habsburg-Lothringen i pretendenta na prijestolja država bivše Monarhije. Iako nikada nije vladao, ostao je utjecajna politička figura i jedan od najdosljednijih zagovornika europskog ujedinjenja u 20. stoljeću.
Nakon sloma Monarhije 1918. obitelj je napustila Austriju. Austrijski parlament je 1919. donio zakon kojim je dinastiji zabranjen povratak i oduzeta im je imovina. Obitelj je živjela u Švicarskoj, zatim na Madeiri, gdje je Karlo umro 1922. Otto je odrastao u izgnanstvu, najviše u Španjolskoj i Belgiji.
Studirao je na Katoličkom sveučilištu u Leuvenu, gdje je 1935. doktorirao društvene i političke znanosti. Odrastao je višejezično; govorio je njemački, mađarski, francuski, španjolski, engleski i vrlo dobar hrvatski, koji je učio od majke i časnika iz bivše hrvatsko-ugarske vojske.
U hrvatsko-ugarskom dijelu Monarhije Karlo I. je bio okrunjen kao Karlo IV., a Otto je nosio naslov kraljevića Hrvatske, Dalmacije i Slavonije. Nakon 1918. dio hrvatskih monarhističkih i pravaških krugova u emigraciji smatrao ga je legitimnim "kraljem Ottom I." u slučaju obnove monarhijskog poretka.
Koliko je ta ideja bila politički realna, a koliko izraz nostalgije za Habsburškom Monarhijom, nije sasvim jasno i ostaje predmetom povijesnih tumačenja. Poznato je da je Otto od 1930-ih zagovarao model srednjoeuropske federacije, što su pojedini hrvatski intelektualci vidjeli kao mogući okvir za jači hrvatski položaj u regiji.
Nakon Drugog svjetskog rata održavao je kontakte s hrvatskim političkim emigrantima različitih orijentacija. Dio emigrantskih svjedočanstava navodi da ih je primao u svojoj rezidenciji u Bavarskoj i da je prema Hrvatskoj gajio osobite simpatije, iako se pun opseg tih susreta ne može precizno rekonstruirati.
Početkom 1990-ih otvoreno je podržao hrvatsku neovisnost i europsku integraciju te je stekao hrvatsko državljanstvo i nekoliko domaćih priznanja.
Uoči Anschlussa 1938. Otto se zalagao za očuvanje austrijske neovisnosti i nudio se kao dio političkog rješenja protiv Hitlerova pritiska. Nakon nacističkog preuzimanja Austrije bio je proglašen državnim neprijateljem i osuđen na smrt u odsutnosti.
Tijekom Drugog svjetskog rata boravio je u SAD-u. Ondje je politički lobirao za obnovu neovisnih srednjoeuropskih država nakon rata. Iako je često opisan kao savjetnik američke administracije, razina njegova formalnog utjecaja teško je jasno odvojiva od neformalnog političkog djelovanja.
Nakon rata zauzeo je dosljedno antikomunističko stajalište. Podržao je mađarsku revoluciju 1956. i godinama se zalagao da zapadne vlade ne zanemare stanje u zemljama iza željezne zavjese. Od 1970-ih bio je među vodećim osobama Paneuropske unije.
Godine 1989. sudjelovao je u organizaciji Paneuropskog piknika na austrijsko-mađarskoj granici, događaja koji je simbolično označio otvaranje željezne zavjese i omogućio bijeg stotinama građana DDR-a. Taj se događaj danas smatra jednim od povijesnih preokreta uoči pada Berlinskog zida.
Na prvim izravnim izborima za Europski parlament 1979. izabran je kao zastupnik bavarske stranke CSU i tu je dužnost obnašao dva desetljeća. Bio je jedan od najživotopisnijih zagovornika širenja Europske zajednice prema srednjoj i istočnoj Europi te snažan promotor ukidanja granica i viznih režima unutar kontinenta.
Zbog dugogodišnjeg rada u Paneuropskoj uniji i Europskom parlamentu, često je opisivan kao jedan od utemeljitelja moderne europske ideje, premda je takva ocjena dijelom politička i simbolična.
Kako bi smio ući u Austriju, Otto je 1961. morao potpisati izjavu kojom priznaje austrijsku republiku i odriče se političnih pretenzija na prijestolje. Nakon toga mu je postupno dopušten povratak. Od 1950-ih živio je u bavarskom Pöckingu, gdje je s obitelji vodio relativno povučen život..
Umro je 4. srpnja 2011. u 98. godini života. Pokopan je u carskoj kripti Kapucina u Beču, dok je njegovo srce, prema habsburškoj tradiciji, položeno u opatiji Pannonhalma u Mađarskoj.