DA Bi jedna povijest počela druga mora završiti, a igrači Hajduka na najbolji su se mogući način oprostili od Jugolige 8. svibnja 1991. godine.
U napetoj političkoj situaciji i čudnoj atmosferi na tribinama Bijeli su pobijedili Crvenu Zvezdu na stadionu JNA u Beogradu sjajnim pogotkom Alena Bokšića. Ta pobjeda i trofej posljednjeg jugoslavenskog Kupa značio je i puno više, jer se baš tih dana Crvena Zvezda okitila naslovom prvaka Europe. Niti mjesec dana nakon finala Kupa Hajduk je u Zrenjaninu odigrao posljednju utakmicu u Prvenstvu Jugoslavije pobijedivši Proleter s 3:2. Posljednji pogodak u toj je ligi postigao Ardijan Kozniku koji će svojim golgeterskim sposobnostima obilježiti i početak natjecanja u Hrvatskoj nogometnoj ligi.
Predsjednik Hajduka tada je bio Stjepan Jukić - Peladić, a prva sezona HNL-a započela je u veljači 1992. godine, a trajala je svega četiri mjeseca. Ipak, odigrala su se čak 22. kola, a susreti su bili na rasporedu gotovo svaka tri dana. Hajduk je sjajno startao, upisao šest uzastopnih pobjeda, pa remi protiv Osijeka i poraz od Inkera. Uslijedio je novi niz od devet pobjeda i tri remija u 12 utakmica. Na koncu Hajduk je bio prvi sa 16 pobjeda, četiri remija i dva poraza, tri boda ispred Zagreba. Pobjeda je tada donosila dva boda. Najbolji strijelac prvog prvenstva bio je Kozniku s 12 pogodaka.
Trener Hajduka bio je Stanko Poklepović, a Bijeli su igrali u sastavu: Slavica, Vladislavić, Novaković, Štimac, Abazi, S. Bilić, Jeličić, Miše, Mornar, Vučević, Kozniku, Mihačić, Andrijašević, Ivica, Španjić i Osibov. U Hrvatskom kupu Hajduk je ispao u četvrtfinalu od Rijeke, a 23. lipnja Inker je osvojio svoj prvi i posljednji trofej u povijesti. Što se tiče Europe, UEFA nije dozvolila Hajduku da u prvom kolu Kupa pobjednika kupova ugosti Tottenham u Splitu, ali Bijeli su u austrijskom Linzu ostvarili 1:0 pobjedu golom Marija Novakovića. U uzvratu na White Heart Laneu Englezi su slavili sa 2:0 i po treći put u europskim ogledima eliminirali Bijele iz natjecanja.
U Ljubljani je pao i Ajax sa Seedorfom, Rijkaardom i Davidsom
Sljedeće sezone po vodstvom novoga predsjednika Nadana Vidoševića dolazi i novi trener. U ožujku 1993. Katalinić je nakon deset godina rada u stručnom stožeru Hajduka dočekao svoju prigodu i postao glavni trener momčadi. Prvi trofej pod njegovim vodstvom stigao je već u svibnju kada je osvojen domaći kup u dva finalna ogleda sa Dinamom. Te sezone Hajduk nije najbolje gurao u HNL-u, a na koncu su završili kao drugoplasirani. Kobnim su se pokazali brojni neodlučeni rezultati, a čak deset susreta završilo je remijem. Croatia je pobjegla sedam bodova, međutim Bijeli su pobjedom u Kupu nastavili tradiciju osvajanja barem jednog trofeja.
U sezoni 1993./1994. počinje sjajna era momčadi trenera Ivana Katalinića, iako momčad ostaje bez Novakovića i Jeličića koji prelaze u redove Dinama. Opet Hajduk zbog ratne situacije ne može prvo kolo Kupa pobjednika kupova igrati na Poljudu, već je domaćin Ajaxu u Ljubljani. U nezaboravnoj atmosferi na stadionu pod Bežigradom pogotkom Ivice Mornara Bijeli su pobijedili s 1:0 tada ponajbolju momčad Europe u čijim su redovima igrali Van der Saar, braća de Boer, Davids, Seedorf, Rijkaard, Kluivert, Kanu te Litmanen.
Međutim u Amsterdamu je europski izlet Hajduka završio najvećim porazom Splićana u euro natjecanjima, 0:6. te je sezone Hajduk ponovo osvojio naslov prvaka Hrvatske, a nakon 34. kola bod je pobjegao drugoplasiranom Zagrebu. Ključnom se pokazala utakmica četiri kola prije kraja, kada je u Kranjčevićevoj Hajduk slavio s 1:0, golom Zorana Vulića iz slobodnog udarca. Dvostruka kruna ipak je ostala nedostižna, a bolja je u polufinalu bila Rijeka.
Četvrtfinale Lige prvaka - posljednji veliki uspjeh u Europi
U sezoni 94/95 Bijeli doživljavaju svoj procvat. U finalu kupa su u obje utakmice svladali Croatiju, a u prvenstvu su pobjegli Modrima jedan bod i na kraju osvojili dvostruku krunu. Presudna je bila utakmica tri kola prije kraja, kada su na Poljudu Splićani svladali Croatiju sa 3:1. Te sezone Hajduk je i napravio veliki rezultat u Europi. U pretkolu Lige prvaka Hajduk je prošao varšavsku Legiju s ukupno 5:0. U skupini C igrali su sa Benficom, Steauom i Anderlechtom, a na koncu su sa šest bodova bili drugoplasirani, plasiravši se u četvrtfinale Lige prvaka. Prva četvrtfinalna utakmica završila je mršavim remijem 0:0 na Poljudu, da bi kao i godinu ranije Ajax razbio Bijele u uzvratu i prošao u finale s 3:0. U toj sezoni udarne Katalinićeve snage bili su Gabrić, Butorović, Peršon, Hibić, Štimac, Andrijašević, Vulić, Rapaić, Mornar, Asanović, Meštrović, Slavica, Računica, Pralija, Erceg i Vučević.
U ljeto 1995. Hajdukovci igraju kvalifikacije za Ligu prvaka protiv Panathinaikosa i u prvoj utakmici pred praznim stadionom u Ateni, zbog kazne, ostvaruju odličnih 0:0. Na žalost i po treći put je Splićanima onemogućeno da europske susrete igraju na svom Poljudu, pa su u uzvratu domaćini u Rijeci. Uz puno nesreće ostalo je 1:1 čime je klub eliminiran iz Europe, ali i ozbiljno financijski uzdrman. Iz današnje perspektive čini se da se od toga klub se nije oporavio do kraja dekade, uglavnom gledajući u leđa Dinamu. U sezoni 95/96 Hajduk je bio drugi za pet bodova manje. Godinu kasnije Dinamo mu je pak pobjegao ogromnih 21 bod. Otišao je tada sa mjesta predsjednika Nadan Vidošević, a zamijenio ga je Anđelko Gabrić, koji se zadržao svega godinu dana.
Pod predsjedničkom paskom Željka Kovačevića u sezoni 1998/99 Hajduk je smanjio prednost i sa samo 13 bodova manjka dočekao kraj sezone na drugom mjestu. Godinu kasnije Hajduk je doživio novi udarac, sa šest bodova manje od Dinama i pet od Rijeke, bijeli su sezonu završili na trećem mjestu, najlošijem otkako je države Hrvatske. U tih pet godina Bijeli su promijenili čak sedam trenera, redom Mirka Jozića, Ivana Buljana, Luku Bonačića. Tomislava Ivića, opet Bonačića, Zorana Vulića, Ivana Katalinića i Ivicu Matkovića. Jedina svijetla točka u tom nizu bila je odlična generacija kadeta i juniora predvođena Pletikosom, Miladinom, Lekom i drugima, koja je 2000. godine uspjela donijeti treći put hrvatski kup na Poljud, svladavši u finalu Dinamo sa (2:0, 0:1, pod vodstvom Pere Nadoveze. U međuvremenu Bijeli nisu briljirali ni u europskim natjecanjima, a često su ispadali od puno lošijih protivnika, a još češće nisu imali sreće u ždrijebu. 1996. godine izbacio ih je Torpedo, 97` Schalke, 98` Fiorentina pa Levski Sofija.
Vulić donio prvi naslov nakon šest godina
U novi milenij pod presjedavanjem Branka Grgića ušao je jedan drugi Hajduk. Za trenera je postavljen Zoran Vulić, a okosnicu igrača činili su igrači ponikli u omladinskom pogonu. Završni dio sezone, Ligu za prvaka, Hajdukovci su odigrali superiorno uz osam pobjeda, neodlučenim u Koprivnici i minimalnim porazom u Maksimiru čime su nadoknadili pet bodova zaostatka za Dinamom nakon prvog dijela natjecanja. Vrhunac sezone bila je utakmica u Varaždinu kojeg su preplavile tisuće navijača Bijelih iz cijele zemlje. Nakon pobjede Hajdukovaca od 4:2 počelo je slavlje u Splitu. Hajduk je nakon šest dugih godina osvojio naslov prvaka Hrvatske.
Za Hajduk su tada igrali Pletikosa, Miladin, Rendulić, Sablić, Carević, Miše, Đolonga, Đuzelov, Musa, Leko, Deranja, Bošnjak, Andrić, Bubalo, M. Bilić i Lalić. Uspjesi na domaćem planu pokazali su stanoviti pomak i na međunarodnom planu. Nakon ispadanja od Dunafera godinu ranije, Hajduk je prvo nakon jedanaesteraca preskočio Ferencvaros da bi onda na Poljudu u prvoj utakmici trećeg pretkola golom Mate Bilića svladao Mallorcu. Hajduk je ipak ispao nakon produžetaka u uzvratu i gola Alberta Luquea.
Iduće sezone trofejna sala u Poljudu obogaćena je za još jedno Rabuzinovo sunce. U finalnim susretima Kupa Hajduk je lako nadigrao pulski Uljanik s 1:0 , 4:0. U prvenstvu Hajduk je bio drugi, osam bodova iza Dinama, a u Europi je ispao od Fulhama. Navijači Hajduka i danas se sjećao kako je Japanac Junichi Inamoto na gol crti izbio udarac glavom Mate Neretljaka i tako spasio Fulham od ispadanja.
I sljedeća sezona bila je izvanredna za Hajduk u europskom smislu. Eliminirali su finsku Haku pa švicarski Grasshopper da bi u 2. kolo kupa Uefa ispali od talijanske Rome s minimalnih 2:1. Tunel Pere Krpana Zebini i gol Blatnjaka u uzvratnoj utakmici za vodstvo Hajduka i dan danas prepričavaju se u Splitu. Krajem te sezone na klupu se vraća Zoran Vulić i Bijeli od samog početka sljedeće kreću pobjednički. Vodeću poziciju nakon prvog dijela zadržavaju i u Ligi za prvaka, a proslava naslova prvaka opet je bila protiv Varteksa, samo ovog puta pobjedom od 2:0 na Poljudu. Pri samom kraju prvenstva Vulić je dobio otkaz, a naslovom prvaka okitio se vatrogasac Pero Nadoveza. Za Hajduk su tada igrali Blatnjak, Carević, Andrić, Bule, Pralija, Krpan, Turković i Deranja.
Stigao Kranjčar, prošao i Ćiro
U sezoni 2004/2005. Hajduk od Nadoveze preuzima Ivan Katalinić, koji starta katastrofalno. Ispao je iz Lige prvaka u drugom pretkolu od irskih amatera Shelbournea, a ništa bolje bijeli nisu izgledali ni u HNL-u, iako su stajali visoko na ljestvici. Katalinić je ubrzo smijenjen, naslijedio ga je Blaž Slišković, koji se nije dugo zadržao. Naposljetku pred kraj sezone trenersku klupu preuzeo je Igor Štimac, koji sa dva boda prednosti od zaprešićkog Intera dolazi do naslova prvaka , drugog uzastopnog. Za njegov Hajduk igrali su Kale, Balić, Vejić, Rukavina, Vučko, Žilić, Đolonga, Bartulović, Šuto, Damjanović, Pralija, Leko, Kranjčar, Biščević, Munhoz, Bušić, Blatnjak, Lovrek, Rački, Turković i Dragičević.
Na kraju sezone Štimac je Bijele prepustio u ruke Ćire Blaževića, a od tada zapravo počinje novi pad Hajduka na domaćoj i europskoj sceni. U drugom pretkolu Lige prvaka, Hajduk je doživio najteži europski poraz u povijesti. nakon što ga jeu prvoj utakmici u Mađarskoj Debrecen svladao sa 3:0, u uzvratu su Mađari slavili s nevjerojatnih 5:0. U prvenstvu pad nije bio ništa manji, a biejli su završili kao petoplasirana momčad HNL-a, što je najgori plasman otkako je neovisne države. Te sezone Hajduk je također promijenio tri trenera, a osim Ćire, neuspješno su Hajdukovim brodom plovili Luka Bonačić i Ivan Gudelj.
Pretvorba uspješna, ali i dalje bez rezultata
Nakon velikih posrnuća u klub se vratio Zoran Vulić, pokazan je mali napredak, a Bijeli su na koncu zauzeli drugo mjesto ljestvice sa više od 20 bodova zaostatka za Dinamom. Ipak, na kraju sezone Vulić po četvrti put odlazi s klupe, a naslijedio ga je Ivan Pudar, koji je Hajduk poveo i u sljedeću sezonu. U Europi se prošla podgorička Budućnost, da bi se onda u dva susreta tijesno ispalo od Sampdorije. Nakon kiksa u prvenstvu bivšim je postao i Ivan Pudar, a smatralo se kako je otkaz dobio jer velika zvijezda Ante Rukavina nikako nije uspjevala proigrati. Naslijedio ga je Sergije Krešić, međutim ni on se nije zadržao više od deset kola, a priču je završio Robert Jarni, još jednim očajnim petim mjesto u HNL-u.
Godinama gomilani financijski problemi sve su više počeli pritiskati klub, pa se početkom 2008. godine Hajduk našao pred stečajem. Izlaz se međutim, našao u primjeni odredaba Zakona o športu o pretvorbi kluba u športsko dioničko društvo. Pretvorba je uspješno obavljena uz odaziv navijača, grada Splita i nekolicine bogatih poduzetnika, pa je Hajduk registriran kao prvo športsko dioničko društvo u Hrvatskoj. Svašta se događalo pod predsjedništvom Željka Jerkova i Mate Peroša, dok Hajduk napokon nije postao dioničko društvo.
Trebalo je to predstavljati spas za Hajduk, međutim na koncu su Poljud okupirali raznorazni ljudi koji nemaju veze s nogomet, a koje je gradonačelnik Splita Željko Kerum postavio na to mjesto. Naime, prodajom dionica grad Split postao je većinski vlasnik Hajduka, tako da je sve konce u rukama imao Kerum. 2009. godine na čelo Hajduka postavio je Joška Svagušu za predsjednika, a ovaj je doveo braću Sharbini u klub, kao i talijanskog trenera Edoarda Reju, kako bi se nakon pet godina napokon napravilo kakav rezultatski pomak u odnosu na Dinamo. Svaguša je napravio dobar posao, kao i Edoardo Reja, međutim Talijan je napustio Hajduk prije proljetnog dijela prvenstva.
Špaco donio iskorak u Europi
Njegovo mjesto zauzeo je Stanko Poklepović, koji je napravio veliku stvar na koncu osvojivši Hrvatski kup nakon šest godina. Uslijedila je velika fešta u klubu, a Špaco je poveo momčad i sljedeće godine u juriš na naslov prvaka u godini jubileja. Imperativ je bio europski rezultat, a Stanko Poklepović i njegovi puleni napravili su ono što nitko nije mogao ni zamišljati. Prošao je dva nositelja u pretkolu Europske lige, Dinamo iz Bukurešta i Unireu, plasiravši se po prvi put nakon 14 godina u skupinu jednog europskog natjecanja.
Hajduk je u skupini nije proslavio, upisao je jednu pobjedu i pet poraza, međutim domaća pobjeda protiv Anderlechta najveći je Hajdukov doseg desetljeća. Međutim napori u Europi ostavili su traga na partijama Bijelih u prvenstvu. Počeli su se redati loši rezultati i Poklepović je to platio glavom. Naslijedio ga je Goran Vučević kojem je ostavljen težak posao u nastavku HNL, pet bodova iza zagrebačkog Dinama. Ne samo to, nego je na jubilarnu stotu godišnjicu kluba Hajduk u zimskom prijelaznom izgubio dva ponajbolja igrača Senijada Ibričića i Ivana Strinića, a nije doveo niti jedno pojačanje.