U trećem filmu serijala Madagascar Alex, Marty, Gloria i Melman odlučni su vratiti se u The Central Park Zoo u New York Cityju. Odlazeći iz Afrike, skreću s puta i nađu se u Europi loveći pingvine i čimpanze koji su uspjeli orobiti kockarnicu u Monte Carlu. Uskoro ih otkriva Chantel DuBois kojoj se ne sviđa što životinje iz zoološkog vrta slobodno jure njenim gradom i uživa u ideji da će uloviti svojeg prvog lava.
Životinje utočište pronalaze u bivšem putujućem cirkusu te smišljaju kako bi ga ponovo otvorile i žive stigle u New York. Po prvi puta u 3D, likovi iz Madagascara su u bijegu, skrivaju se u cirkusu, izvode trikove zbog kojih gledaju smrti u oči i sklapaju nova prijateljstva.